Kaišiadorių pagalbinė mokykla internatas įsteigta 1982 m. Mokyklos steigėjas – Švietimo ir mokslo ministerija. Mokyklai nuo 1982 m. iki 2015 m. vadovavo direktorė Reda Pažėrienė. Per pirmąjį penkmetį (1982–1987) įstaiga kaupė patirtį, tobulino darbo sistemą, turtino materialinę bazę, kūrė gražią ir estetišką aplinką. 1987 m. mokykloje mokėsi 287 mokiniai. Tais pačiais metais išleista pirmoji laida – 31 mokinys. 1987–1992 m. susiformuoja mokyklos kolektyvo branduolys. Šiam laikotarpiui būdinga patirties sklaida, mokyklos pasiekimų įvertinimas, tautinės mokyklos koncepcijos įgyvendinimas. Šalyje prasidėjus neįgaliųjų integracijai į visuomenę, mokykla aktyviai įsitraukė į šį
procesą.
1992–1997 m. mokyklos veikloje pasireiškia kaitos procesai, susiję su šalyje vykstančiomis švietimo reformomis. Keičiamas mokyklos pavadinimas: Kaišiadorių specialioji internatinė mokykla. Atidaromos lavinamosios klasės vaikams, kurie anksčiau dėl savo negalės pobūdžio buvo laikomi neugdytinais. 1995 m. mokykloje pradedami lavinti vaikai, turintys didelių ir labai didelių specialiųjų
ugdymosi poreikių. 1996 m. mokinių auklėjamosios grupės perorganizuojamos į šeimynas. Mokymo turinys vis labiau artinamas prie sociokultūrinio gyvenimo konteksto, kuriama mokinių darbinio mokymo ir auklėjimo sistema, atsižvelgiant į vaikų interesus ir galias. Mokykloje didelis dėmesys teikiamas mokymo bazės pritaikymui, ugdymo turinio pasikeitimams įgyvendinti.
1994–1995 m. m. prie mokyklos buvo įsteigtos jaunimo klasės, o nuo 1995 m. rugsėjo 1 d. Jaunimo mokykla funkcionuoja kaip savarankiška Kaišiadorių rajono savivaldybės ugdymo įstaiga.
1997 m. Kaišiadorių specialiosios internatinės mokyklos pavaldumas perduodamas Kauno apskrities viršininko administracijai. 1997–2005 m. – mokyklos brandos metas. Auga pedagogų kompetencijos, įgyvendinamos ugdymo proceso naujovės, daug dėmesio skiriama teikiamų paslaugų plėtrai ir jų kokybei. 1999 m. renovuota mokyklos biblioteka, teikianti paslaugas ne tik mokyklos bendruomenei, bet ir viso rajono pedagogams. 2000 m. įrengta nuolat veikianti mokinių darbų ekspozicijos salė.
2002 m. įrengiamas pirmasis informacinių technologijų kabinetas. 2003–2004 m. įrengiamas relaksacijos kabinetas, pradedamos teikti papildomos paslaugos negalią turintiems ugdytiniams – kūno vandens masažas, bendroji kūno atpalaidavimo terapija, hipoterapija (gydomasis jodinėjimas).
2004 m. mokykla užmezga draugiškus ryšius su Vokietijos Kliopenburgo Šv. Vincento mokykla, kurioje ugdomi intelekto negalią turintys vaikai ir jaunuoliai. Siekiant pasisemti patirties lankomasi vieni pas kitus, įgyvendinami bendri projektai, kartu dalyvaujama ir kitų šalių organizuojamuose projektuose. Šiltas ir nuoširdus bendradarbiavimas tęsiasi iki šiol.
Vykstant specialiųjų internatinių mokyklų kaitos procesui, keitėsi mokyklos nuostatai ir pavadinimas. Pradėtas keisti internato statusas. Nuo 2005 m. rugsėjo mėn. – Kaišiadorių specialioji mokykla su
bendrabučiu.
Nuo 2010-07-01 Kaišiadorių specialioji mokykla yra valstybinė įstaiga, skirta ugdytiniams nuo 7 iki 21 metų, turintiems didelių ir labai didelių specialiųjų ugdymosi poreikių, kurios savininkas yra Kaišiadorių rajono savivaldybė. 2007–2012 m. sėkmingai buvo įvykdytas ES struktūrinių fondų finansuojamas projektas „Kuriame Lietuvos ateitį”: „Kaišiadorių specialiosios mokyklos pastato rekonstravimas”. 2015–2016 m. m. mokyklai laikinai vadovavusi Rūta Stankienė nuo 2016 m. liepos 1 d. Kaišiadorių rajono savivaldybės tarybos sprendimu paskirta į Kaišiadorių specialiosios mokyklos direktoriaus
pareigas.
2016-09-01 suformuota pirmoji jungtinė specialioji priešmokyklinio ugdymo grupė. 2016 spalio 10 d. vadovaujantis Kaišiadorių rajono savivaldybės administracijos direktoriaus pavaduotojo įsakymu Nr. V30E-1 patvirtintais mokyklos nuostatais pakeistas Kaišiadorių specialiosios mokyklos pavadinimas. Naujas pavadinimas – Kaišiadorių šventosios Faustinos mokykla.
Nuo 2017-07-01 pradėtos teikti paslaugos vaikams su negalia ir su sunkia negalia, o nuo 2017-12-01 teikiamos paslaugos asmenimis su negalia ir su sunkia negalia.
2022-02-15 įstaigoje buvo atidaryta Terapijų studija, kurioje teikiamos relaksacinės ir reabilitacinės paslaugos, vykdomos sveikatinimo ir nusiraminimo programos.
2023-01-01 įstaigai priskirtos Bendruomeninių šeimos namų funkcijos ir pradėtos teikti prevencinės paslaugos Kaišiadorių rajono bendruomenei.
2023 m. liepos mėnesį mokykla tampa priskirto regiono (Alytaus m., Alytaus r., Druskininkų, Elektrėnų, Kaišiadorių r., Lazdijų r., Trakų r., Varėnos r. savivaldybių) konsultavimo centru ir keičiamas jos pavadinimas – įstaiga tampa Kaišiadorių šventosios Faustinos ugdymo centru.
Atvira visuomenei, dalyvaujanti kaitos procese, plečianti teikiamas paslaugas specialioji mokykla su bendrabučiu.
Pagarba ir tolerancija, nuolatinė kaita ir tobulėjimas.
Pagarba ir pagalba vienas kitam ir tikėjimas vaiku.
Mokykla, tenkinanti sutrikusio intelekto didelių ir labai didelių specialiųjų poreikių vaikų bei jaunuolių iki 21 metų specialiuosius ugdymo(si) poreikius pagal individualizuotas specialiojo pradinio, pagrindinio ir socialinių įgūdžių ugdymo programas, sudaranti sąlygas saviraiškai ir turiningam užimtumui, rengianti gyvenimui bendruomenėje; plėtojanti ir puoselėjanti partnerystę; teikianti specialiąją metodinę pagalbą ir paramą tėvams ir vietos bendruomenei.
Visuomenei ir tėvams ugdymo įstaigą pristato mokyklos internetinė svetainė bei mokyklos laikraštis „Esame drauge”. Veikia mokyklos muziejus, mokinių darbelių parodos. Mokykla organizuoja daug renginių. Tai įvairūs minėjimai, popietės, vakaronės, susitikimai, ekskursijos, varžybos, koncertai, viktorinos ir pan. Tradicija tapo: Rugsėjo 1-oji, Vėlinės, Šv. Kalėdos, Naujieji metai, Užgavėnės, Šv. Velykos, Mamyčių diena, Šimtadienis, Paskutinis skambutis, Išleistuvės. Organizuojame bendrus renginius su socialiniais partneriais, bendradarbiaujančiomis mokyklomis ir vaikų globos namais. Pažymime Žemės, Neįgaliųjų, Sveikatingumo dienas. Švenčiame gimimo dienas. Visuomet minime valstybines šventes: Laisvės gynėjų, Nepriklausomybės, Valstybės atkūrimo dienas ir kt. Organizuojame temines savaites (pagalbos teikimo, švarių rankų, gerų darbų, sveikų dantų ir pan.). Svarbią vietą mokyklos gyvenime užima prevenciniai, pilietinio bei sveikatos ugdymo renginiai. Pasibaigus mokslo metams organizuojamos kultūrinės ekskursijos visiems bendruomenės nariams.
Bendradarbiavimo su socialiniais partneriais plėtotė – viena iš Kaišiadorių specialiosios mokyklos strateginės veiklos programos prioritetinių krypčių. Bendradarbiaujame su institucijomis, besirūpinančiomis vaiko gerove; regiono, šalies, užsienio ugdymo institucijomis; mokslo bei pedagogų kvalifikacijos kėlimu besirūpinančiomis įstaigomis; vietos bendruomene, tėvais, žiniasklaida. Ilgalaikės bendradarbiavimo sutartys pasirašytos su užsienio, šalies, apskrities ir rajono ugdymo institucijomis, globos namais, nevyriausybinėmis organizacijomis, paslaugų centrais, kvalifikaciją teikiančiomis institucijomis, aukštosiomis mokyklomis ir kitomis institucijomis. Trumpalaikės bendradarbiavimo sutartys yra sudaromos, įgyvendinant įvairias programas, projektus. Bendradarbiavimo tikslas – mokinių socializacijos plėtra, specialiojo ugdymo patirties perėmimas ir sklaida. Bendradarbiavimo uždaviniai: >> susipažinti su socialinių partnerių regiono ypatumais, bendravimo kultūra; >> pagerinti mokinių socialinės raiškos sąlygas; >> kartu su socialiniais partneriais kurti ir įgyvendinti bendradarbiavimo projektus. Pastovūs ir tvirti mokyklos ryšiai su mokinių tėvais, savivaldybės institucijomis, seniūnijomis, policijos komisariatu, sveikatos apsaugos įstaigomis, nevyriausybinėmis organizacijomis, rėmėjais. Bendradarbiaudami su socialiniais partneriais išreiškiame savo atvirumą visuomenei, įgyjame naujos patirties ugdant specialiųjų poreikių vaikus.
